Appena entrati nella Basilica la nostra attenzione è subito catturata dai colori e dalle storie narrate dagli affreschi. Il magnetismo di queste raffigurazioni perdura dal secolo XIII.
A quel tempo le persone delle campagne erano per lo più analfabete, ma conoscevano le storie narrate nelle Sacre Scritture e le vite dei santi, e quindi sapevano interpretare il messaggio proposto da ognuna delle scene raffigurate.
Nella navata centrale, sulla parete di destra rimangono brani delle storie di Cristo, su quella di sinistra invece sono rappresentate quattro scene raffiguranti la morte di Maria e la sua Assunzione in cielo.
Sui quattro pilastri centrali sono campiti i quattro Evangelisti accompagnati dal loro nome.
Sotto il penultimo arco di destra colpisce l’immagine della Madonna col Bambino in atto benedicente secondo un’iconografia tipicamente bizantina.
Altre due pitture sono particolarmente significative: Santa Caterina d’Alessandria sul primo pilastro di sinistra, che si sovrappone agli affreschi del X secolo, attestati da un busto di un santo che si intravede più in alto una mano alla sinistra di quella di Santa Caterina.  L’altra raffigurazione notevole è il grande San Cristoforo raffigurato nella navata destra sul primo pilastro. Il santo regge sulla spalla sinistra il Bambino col globo e con la mano destra la palma del martirio. Nel riquadro in basso si legge una preghiera in latino a protezione di chi invoca il santo. San Cristoforo era infatti il protettore dei pellegrini qui particolarmente numerosi, come è testimoniato anche dai numerosi graffiti in latino e in glagolitico, il più antico alfabeto slavo, che si sovrappongono all’affresco. Incisioni simili sono state notate anche presso la Chiesa di Santa Maria della Salvia a Prosecco.